ジャイロは機体が軸からどれだけずれているかを検知するセンサですので、操縦者が操作しなければ、そのずれを修正するような制御が自動的にかかります。 これはすなわち、機体を水平に維持し、ロール角、ヨー角、ピッチ角を一定に保つことです。
言うまでもなく、プロポのスティック操作でこれらの角度が変わりますが、マニュアルモードにおいては、ピッチ角とロール角はスティックの変化量に対応し、スティック中央で機体は元の位置（水平）に戻るものの、ヨー角方向については、スティックの変化量はヨー角の変化速度であって、中央に戻してもヨー角の変化が止まるだけで、機体は元の位置（方角）には戻りません。

加速度計はいわば機体にかかる力を検知するセンサです。突風や乱流といった風の変化は加速度として検知されるので、それに対抗するような制御をかけることができます。原理的には離陸前の静止状態を基準として加速度が検知されるので、飛び立って風の力を受ければそれに対抗して位置を維持するような制御がかかるものの、機体の飛行によって基準はずれるものと思われます。GPSはそれを補正するために利用されているのでしょう。
GPS Atti.モードおよびAtti.モードにおいては、プロポのスティックが中央にあれば、加速度が0になるように、ロール・ヨー・ピッチが制御されます。

上記のようにジャイロで３方向、加速度で３方向ありますが、プロポのスティック操作の4chと同様、４つのパラメータでマルチコプターは制御されます。これらの関係をまとめると次のような表になります。
ピッチ角やロール角を変化させることで重力との合成力で水平方向の加速度を得る仕組み（右図）ですので、ピッチ角やロール角を維持したままでは左右前後への移動はできません。逆にその制約はあるものの4chであらゆる方向への移動を可能としています。

初めてマニュアルモードを使おうと、Atti.モードでホバリング中にマニュアルモードに切り替えたらあっという間に墜落しました。下のビデオはその時の様子です。
モード切り替えは3秒目くらいで、音を聞いてもわかるように回転数が低下し、姿勢を維持したまま3m程度の高さから急降下、そこから2秒足らずで地面に達しています。その後、水平姿勢を取り戻しているところを見るとやはりジャイロは効いてる様子です。しかし、着地の反動で右方向に流れているので加速度計は働いていないようです。その後のクラッシュは右側の土手に衝突したためです。
この落下で、自作のスキッドが折れ、H3-D3ジンバルの台も歪んでしまいました。ジンバルは高価な部品ですので、マニュアルモード練習時にははずすようにした方がよいでしょう（といっても標準のピンを使っているとはずすのに苦労します）。
また、ネットを調べてみると、マニュアルモードでホバリングさせるには、スロットルを75%程度に保持しなければならないようです。Atti.モードからマニュアルモードに切り替える際には十分な高度を確保するか、練習は離陸からマニュアルモードにしておいた方がよいかと思います。